在中-非中心合作框架下，中國科學(xué)院武漢病毒研究所與深圳華大生命科學(xué)研究院、昆士蘭大學(xué)和肯尼亞國家博物館等單位合作，開(kāi)展了肯尼亞和烏干達兩個(gè)東非國家蝙蝠和嚙齒動(dòng)物的病毒組調查研究。基于華大智造T系列測序平臺，研究團隊對在東非地區采集的近1300份蝙蝠和嚙齒動(dòng)物樣本進(jìn)行了宏轉錄組測序，揭示了這些野生動(dòng)物中的病毒多樣性，重組和跨地域傳播特征。
本研究使用的蝙蝠與嚙齒動(dòng)物樣本的種類(lèi)與分布
東非蝙蝠和嚙齒動(dòng)物病毒多樣性
研究團隊共鑒定到蝙蝠或嚙齒動(dòng)物攜帶的251種RNA和DNA病毒，其中87%為新病毒，揭示了東非地區野生動(dòng)物病毒高度的遺傳多樣性和特異性。值得關(guān)注的是，在埃及果蝠中發(fā)現了與人類(lèi)II型副流感病毒和人類(lèi)軟疣病毒相近緣的病毒，這些發(fā)現不僅對于理解這些病毒的起源具有重要意義，也為研究它們的傳播機制提供了關(guān)鍵線(xiàn)索。此外，該研究顯示冠狀病毒和圓環(huán)病毒在與細胞入侵相關(guān)的蛋白上有著(zhù)高度的多樣性和頻繁的重組。進(jìn)一步分析揭示了病毒群落中頻繁發(fā)生重復突變、不同病毒型別的共感染以及地域間的病毒流動(dòng)，這些因素共同促進(jìn)了多樣化的自然病毒群落，為理解病毒如何在不同生態(tài)系統中傳播提供了重要信息。
東非哺乳動(dòng)物病毒與動(dòng)物宿主間的網(wǎng)絡(luò )關(guān)系
該研究成果為揭示東非地區蝙蝠、嚙齒類(lèi)等重點(diǎn)疫源野生動(dòng)物宿主的病毒譜提供了全面的基因組和生態(tài)數據資源，也為包括非洲在內的全球病毒多樣性研究領(lǐng)域提供了新的數據和視角。以“Substantial viral diversity in bats and rodents from East Africa: insights into evolution, recombination and circulation”為題的研究論文于近日在國際期刊Microbiome（《微生物組》）(IF=15.5)發(fā)表。
中國科學(xué)院武漢病毒研究所石正麗研究員、華大生命科學(xué)研究院李俊樺研究員、昆士蘭大學(xué)Sheila Ommeh教授、肯尼亞國家博物館Bernard Agwanda研究員以及華大生命科學(xué)研究院肖敏鳳副研究員為本文共同通訊作者。該研究得到國家重點(diǎn)研發(fā)計劃（2021YFC2300905、2021YFC0863400）、廣東省高通量基因組測序與合成編輯應用重點(diǎn)實(shí)驗室項目（2017B030301011）、國家科技重大專(zhuān)項（2018ZX10101004001001）、中國科學(xué)院中-非聯(lián)合研究中心項目（SAJC201605）及中國科學(xué)院國際伙伴計劃項目（151542KYSB20200010）的支持。
